众包超级计算机项目瞄准了冠状病毒

图中显示的是[email protected]项目对COVID-19峰蛋白的模拟结果。这三种颜色代表穗蛋白的组成部分;这就是新型冠状病毒用来感染细胞的蛋白质。蛋白质与人类细胞结合并感染它们的部位位于蛋白质的顶部。通过使用[email protected],研究人员的目标是对感染期间发生的事情形成一幅精确的图像。了解这些细节有助于揭示阻止病毒感染细胞的方法。(视频:Greg Bowman和Maxwell Zimmerman)

世界各地的人们正在自我隔离,以帮助减缓艾滋病毒的传播。但是,还有另一种方法可以让那些被困在家中但却能上网的人加入到对抗新型冠状病毒的战斗中来。在为这种新型大流行病毒开发治疗方法和疫苗的研究项目中,有一个是世界上最大的众包超级计算机项目。

该项目由圣路易斯华盛顿大学医学院生物化学和分子生物物理学副教授、计算生物物理学家格雷格·鲍曼领导,名为“[email protected]”。它依靠志愿者家用电脑的集体力量来执行模拟蛋白质动力学所需的复杂计算。

来自世界各地的志愿者可以安装一个软件程序,在计算机空闲时运行这些计算。这些参与者通常是受个人对各种疾病的经验所激励,选择一个领域来贡献自己的力量,比如促进癌症研究、预防阿尔茨海默病,或者——现在——抗击新型冠状病毒。

例如,Bowman和他的团队正在试图了解COVID-19的峰值蛋白的结构,这种蛋白是病毒用来感染细胞的。这样的研究可能会揭示阻断这种蛋白质的方法,从而导致感染。鲍曼说,自2月下旬宣布该项目将重点放在冠状病毒上以来,“折叠在家”志愿者的数量急剧增加,大约有40万个新文件夹加入了这项工作。

他说:“到目前为止,人们的反应是压倒性的,非常棒,但总是有更多有用的科学有待研究。”“当这种突刺蛋白的分子弹跳和移动时,它可以呈现出各种各样的形状,了解这些形状可以帮助我们开发出新的药物来阻止它,阻止病毒感染更多的细胞。”我们将继续以最快的速度扩大我们的研究。”

鲍曼分享了可以被认为是移动的COVID-19峰蛋白的第一眼。它由三种不同的蛋白质组成,它们像一个三维拼图一样组合在一起。该模拟揭示了一个口袋,帮助病毒结合到人类细胞并感染它们。

本着开放科学的精神和迅速共享关于COVID-19的新知识,鲍曼说,研究小组将在bioRxiv等免费和开放获取的预印本网站上发表研究成果。

要加入这项工作并让你的电脑对抗冠状病毒,请访问https://foldingathome.org。


华盛顿大学医学院(Washington University School of Medicine)的1500名教员也是巴尼斯犹太医院(Barnes-Jewish)和圣约瑟夫医院(St。路易的儿童医院。医学院在医学研究、教学和病人护理方面处于领先地位,在《美国新闻与世界报道》评选的全美十大医学院中名列前茅。世界报道。通过与巴尼斯犹太医院(Barnes-Jewish)和圣路易斯儿童医院(St. Louis Children’s hospitals)的合作,医学院与BJC HealthCare建立了联系。

新闻旨在传播有益信息,英文原版地址:https://source.wustl.edu/2020/03/crowdsourced-supercomputing-project-sets-sights-on-coronavirus/

https://petbyus.com/25619/